基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能

作者：周国俊; 应伟; 李文菠; 冯彦超; 吴妮莎; 黄理政; 雷蕾; 侍琳; 冷政伟^*

来源：中华肝脏外科手术学电子杂志, 2020, 9(05): 488-492.

• 癌,肝细胞
• 生物信息学
• 基因

目的基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能。方法从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs)。对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件进行蛋白-蛋白相互作用网络分析并筛选出核心DEGs,最后将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs。将与预后相关且在肝癌组织中高表达的DEGs经metascape网站进行GO功能及KEGG通路富集分析,分析与肝癌发生、发展相关的重要基因及其功能。结果从3个基因芯片GSE60502、GSE14520、GSE45267共筛选出DEGs 124个。GO功能、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后筛选出22个核心DEGs,11个基因与肝癌预后相关,其中9个基因在肝癌组织中高表达,包括GINS1、AURKA、NUSAP1、TOP2A、ASPM、RRM2、PRC1、RACGAP1、GMNN。metascape网站及KEGG通路富集分析发现,高表达基因涉及细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变。结论基于生物信息学分析发现9个基因是肝细胞癌发生、发展的重要基因,参与细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变过程。

• 单位
  川北医学院附属医院