一种新的沙门氏菌成簇重复序列的预测方法

作者：程希; 郭志荣; 胡跃明; 汪业军

来源：基础医学与临床, 2017, 37(2): 150-155.

DOI：10.3969/j.issn.1001-6325.2017.02.004

• 重复序列
• 沙门氏菌
• PipMaker
• 成簇的
• 规律间隔的短回文重复序列
• 数目可变串联重复序列

目的：建立一个新的、直观的鉴定和显示细菌基因组成簇重复序列的方法，了解沙门氏菌基因组成簇重复序列的组成特征。方法直接将细菌的基因组用滑动窗口法切割成重叠片段，每一个片段自体比对，利用PipMaker生成共线性图。通过共线性图特征识别成簇重复序列区。结果用所设计方案－成簇重复序列预测器（ CRpred）对鼠伤寒沙门氏菌LT2菌株基因组进行扫描，总共鉴定出151个成簇重复区。特征分析表明，这些成簇重复区包含低拷贝简单串联重复、高拷贝简单串联重复、间隔串联重复、反向回文重复和反向间隔重复等5种类型。此外，沙门氏菌基因组中有9个复杂重复区域无法使用上述模式进行归类。结论提出了一个新的、简便直观的基因组成簇重复序列的鉴定方法，为搜寻成簇的、规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）、数目可变串联重复序列（VNTR）以及其他重复序列相关研究提供支持。

• 单位
  北京市结核病胸部肿瘤研究所; 基础医学院; 首都医科大学附属北京胸科医院; 深圳大学