嘉庆时期,在全国财政日趋支绌的背景下,作为协饷体系重要组成部分的新疆协饷在运作方面受到了一定的冲击。围绕如何节省新疆的协饷支出,清朝廷与甘肃、新疆高级官员展开了多次讨论。就结果而言,除岁需协济规模稍有增加外,新疆地区的协饷运作前后变动不大,基本以延续旧制为完结。与此同时,新疆地区在财政层面无法自给的内在限制与脆弱性开始显现,且始终没有获得解决或者纾解,为此后道光年间"回疆"地区的边防与治理危机埋下了伏笔。