芸薹属AC基因组MTP1基因的生物信息学分析

作者：李施蒙

来源：广东农业科学, 2018, 45(09): 21-27.

DOI：10.16768/j.issn.1004-874X.2018.09.004

• 甘蓝型油菜
• MTP1基因
• 重金属耐受蛋白
• 锌
• CDF家族
• 生物信息学

以拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtMTP1基因序列为参考,利用白菜(Brassica rapa)、甘蓝(Brassica oleracea)、甘蓝型油菜(Brassica napus)全基因组数据对MTP1基因进行全基因组水平鉴定,通过Blastn比对和保守结构域分析,在芸薹属AC基因组中共鉴定到8个MTP1基因,其中白菜1个、甘蓝3个、甘蓝型油菜4个(A亚基因组3个、C亚基因组1个)。生物信息学分析结果表明,在蛋白质理化性质、二级结构、跨膜结构域、磷酸化位点等方面,3个物种中的MTP1基因间各有差异,并使用甘蓝型油菜转录组数据比较分析4个BnMTP1基因在不同组织部位的表达模式。

• 单位
  西藏自治区农牧科学院