文章以我国东、中、西、东北四大经济区域内农林类院校为研究主体,运用两阶段DEA及Malmquist指数模型对其产学研协同创新效率进行分析,以了解不同区域内农林类院校产学研协同创新效率在知识研发及知识转化阶段的不同表现。结果表明:我国四大经济区域中农林类院校知识转化阶段产学研协同创新效率远低于知识研发阶段,东部地区创新效率在两阶段中呈现较高值,西部地区较为薄弱,其中投入与产出规模比例协调度低、科研资源利用不足、高校科研成果与企业需求不平衡均是影响创新效率水平的重要因素。