KNN法在含纤连蛋白域蛋白质亚细胞定位中的应用

作者：李立奇; 张瑗; 周跃; 王开发

来源：山东医药, 2011, (02): 20-21.

• K最近邻法
• 纤连蛋白
• 亚细胞定位
• 氨基酸组成 K-nearest neighbor
• fibronectin
• subcellular localization
• amino acid composition

目的探讨K最近邻(KNN)法在含纤连蛋白(FN)域蛋白质亚细胞定位中的应用价值。方法选取含FN域蛋白质80个(40个细胞外蛋白质和40个细胞内蛋白质),采用KNN法进行蛋白质亚细胞定位,并采用jack-knife检验法和5维交叉验证法检验样本的定位的准确率。结果 KNN法定位细胞内蛋白36个,细胞外蛋白35个。jackknife法检验KNN法蛋白质定位准确率为88.75%,5维交叉法验证其定位准确率为82.5%。结论利用KNN法可较准确的预测含FN域蛋白质的亚细胞位置。

• 单位
  中国人民解放军陆军军医大学; 新桥医院