本发明公开了一种类芽孢杆菌甲壳素酶及其制备方法和应用。本发明类芽孢杆菌甲壳素酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,编码该类芽孢杆菌甲壳素酶的基因的核酸序列如SEQ ID NO.1所示。利用大肠杆菌表达系统,可高效可溶性表达该类芽孢杆菌甲壳素酶。然后利用离子液体对蟹壳粉进行预处理,以纯化后的类芽孢杆菌甲壳素酶为催化剂,同未处理的蟹壳粉相比,处理后的蟹壳粉的酶解效率提高了三倍。因此,本发明类芽孢杆菌甲壳素酶及其在酶解离子液体预处理后蟹壳粉中的应用,具有良好的工业应用前景。