基于SNP芯片分析新浦东鸡的遗传多样性和遗传结构

作者：齐丽娜; 陆雪林; 杨凯旋; 周瑾; 李先玉; 刘珂; 张文刚; 顾欣; 章伟建^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4962-4971.

• 新浦东鸡
• SNP芯片
• 遗传多样性
• 群体遗传结构

旨在探究新浦东鸡群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究采用“京芯一号”SNP芯片对368只新浦东鸡全基因组范围内的SNPs进行检测，对新浦东鸡的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行了分析，以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到55 023个SNPs,通过Plink软件质控，剩余42 267个有效SNPs,其中78%的SNPs具有多态性；各位点平均有效等位基因数为1.552,PIC为0.237,MAF为0.226,Ho为0.355,HE为0.353。新浦东鸡群体的平均IBS遗传距离为0.280 9,110只公鸡的平均IBS遗传距离为0.280 1。通过聚类分析(标准为亲缘关系系数大于等于0.1)构建新浦东鸡家系，110只公鸡被划分为32个家系。新浦东鸡个体ROH长度在0～350 Mb之间，其中，个体ROH长度在100～150 Mb内的个体数比例最大，基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.155,近交程度较高。综上，本研究从基因组水平揭示了新浦东鸡的种群遗传结构和遗传多样性，可为后续的种群选育及开发利用工作提供参考。

• 单位
  上海市农业科学院; 上海市动物疫病预防控制中心