肉鸽肠道微生物菌群差异分析和抗生素耐药基因预测

作者：陶洁; 李本强; 程靖华; 石迎; 刘佩红; 刘惠莉^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 5293-5300.

• 肉鸽
• 宏基因组学
• 肠道菌群
• 抗生素耐药基因

本研究旨在利用宏基因组学深入分析上海某鸽场青年鸽(RP)和产鸽(LP)粪便样品的微生物菌群差异。结果显示，肉鸽肠道菌群的优势菌门为厚壁菌(Firmicutes)、变形菌(Proteobacteria)和放线菌(Actinobacteria)。RP组中双歧杆菌(Bifidobacterium)、棒状杆菌(Corynebacteriun)、嗜冷杆菌(Psychrobacter)、链球菌属(Streptococcus)含量显著高于LP组，而LP组金黄色葡萄球菌属(Staphyloccus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、库特氏菌属(Kurthia)和埃希氏菌属(Escherichia)含量显著高于RP组。LEfSe分析显示，LP和RP组的差异表达基因主要富集于5个KEGG通路。抗生素耐药基因(antibiotic resistance genes, ARGs)鉴定显示，肉鸽体内存在198种ARGs,其中多重耐药类ARGs流行率40%以上，说明该场肉鸽抗生素耐药情况较严重。本研究为后续深入研究肠道菌群与健康养殖、抗生素耐药机制等提供了科学数据。

• 单位
  上海市农业科学院