三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析

作者：李翠函; 曲志娜; 高玉斌; 李彦; 王娟; 段笑笑; 王琳; 张喜悦; 赵格; 黄秀梅; 赵建梅; 张青青; 王君玮; 黄保续^*; 刘俊辉^*

来源：中国畜牧兽医, 2023, 50(04): 1653-1662.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.04.036

• 家禽
• 碳青霉烯类耐药大肠杆菌(CREC)
• 群间分布
• 多位点序列分型(MLST)
• 全基因组测序(WGS)

【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系，为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1 131份，利用选择性分离培养、质谱鉴定、PCR、微量肉汤稀释法、多位点序列分型(MLST)及全基因组测序(WGS)等方法进行CREC菌株鉴定与分析。【结果】共分离出364株blaNDM基因阳性的CREC菌株，分离率为32.18%,阳性场总体占比为76.32%,肉鸡场和个体阳性率均最高，分别为93.33%和55.56%。三类禽源菌株均多重耐药，83.65%菌株对8类及以上药物同时耐药，对多数测试药物耐药率在80%以上。肉鸡多重耐药问题最严重，水禽次之，蛋鸡相对较轻。45株全基因组测序的CREC菌株携带12类52种耐药基因，4种blaNDM变异体，以blaNDM-5(77.78%)为主，三类家禽对同类耐药基因的检出率存在差异。共检出46种ST型，多样性比为44.23%。三类家禽CREC菌株间单核苷酸多态性(SNPs)差异位点为82～71 307个，且携带的优势型不同。【结论】携带blaNDM的CREC在不同家禽养殖场尤其是肉鸡场广泛存在，以blaNDM-5亚型最为常见，对多种抗菌药普遍耐药，且携带大量耐药基因，以质粒传播为主。CREC菌株在三类家禽中呈多样化分布，且多数菌株间亲缘关系相差较远。提示应针对不同动物群体，加强监测和影响因素研究，以降低CREC的潜在风险。

• 单位
  东北农业大学; 中国动物卫生与流行病学中心