健康和患病中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群结构特征

作者：田甜; 张建明; 张德志; 朱欣; 李洋

来源：中国水产科学, 2023, 30(10): 1259-1270.

• 中华鲟
• 皮肤黏膜层
• 高通量测序
• 菌群结构

为探究中华鲟(Acipenser sinensis)皮肤黏膜层微生物菌群结构和其骨板褪色症之间的关系,本研究通过Illumina高通量测序,分析健康和患病中华鲟背骨板皮肤、躯干部皮肤微生物菌群结构特征。结果显示:4种来源皮肤黏膜层共有3406个OTU。与健康组相比,疾病组背骨板皮肤OTUs数量下降84%,躯干部皮肤OTUs数量下降55%。在门分类水平,健康组背骨板皮肤和躯干部皮肤的优势菌门组成较为相似,均以变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为主,三者占比超过75%;拟杆菌门在疾病组背骨板皮肤和躯干部皮肤高度富集,前者相对丰度由11.15%升高至67.99%,后者相对丰度由20.28%升高至53.48%。在属分类水平,黄杆菌属(Flavobacterium)在疾病组背骨板皮肤和躯干部皮肤中相对丰度分别为42.83%和21.78%,均高于健康组样品(4.20%和16.92%);金黄杆菌属(Chryseobacterium)在疾病组背骨板皮肤和躯干部皮肤中相对丰度分别为23.34%和27.65%,均高于健康组样品(0.33%和2.16%)。多样性分析显示,健康组和疾病组皮肤黏膜层之间的Chao指数和Shannon指数具有显著差异(P<0.01)。显著性差异分析显示,黄杆菌属、金黄杆菌属、食酸菌属(Acidovorax)和氢噬胞菌属(Hydrogenophaga) 4个菌属在疾病组中显著上调(P<0.05)。本研究表明,与健康组相比,疾病组中华鲟背骨板皮肤和躯干部皮肤OTUs数量均明显降低,丰富度和多样性均显著下降(P<0.01)。拟杆菌门的黄杆菌属和金黄杆菌属在疾病组皮肤黏膜层高度富集,可能是此次疾病的主要致病菌。

• 单位
  中国长江三峡集团有限公司中华鲟研究所