恶性胸膜间皮瘤中差异表达基因的预后意义及免疫细胞浸润分析

作者：王宁; 赵秋妮; 袁琪; 朱宝立; 吴文

来源：中华劳动卫生职业病杂志, 2023, 41(09).

• 间皮瘤
• 恶性胸膜间皮瘤
• 生物信息学
• 肿瘤微环境
• 免疫细胞

目的基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤(MPM)的差异表达基因, 研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法于2022年1月, 从GEO数据库下载数据集GSE51024, 获得MPM(55例)和正常组织(41例)样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释, 使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果共获得435个共表达基因, 主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库, 确定7个MPM预后相关的关键基因, 其中细胞周期蛋白20(CDC20)、细胞周期检测点激酶1(CHEK1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、核糖核苷酸还原酶亚基M2(RRM2)、拓扑异构酶2A(TOP2A)、泛素样含植物同源结构域和环指域1(UHRF1)在MPM中的表达上调, 周期调节蛋白A1(CCNA1)表达下调;CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联(P<0.05)。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关(P<0.05), 与中性粒细胞均呈负相关(P<0.05)。结论 CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物, 其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

• 单位
  江苏省疾病预防控制中心; 南京市疾病预防控制中心