1954—2011年青海高原鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型及地区分布

作者：徐小青; 辛有全; 李翔; 张青雯; 杨晓艳; 金泳; 赵海红; 金星; 祁芝珍^*

来源：中华预防医学杂志, 2017, 51(03): 237-242.

• 耶尔森菌,鼠疫
• 基因型
• 青海高原

目的研究青海高原鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的CRISPR基因型(类群)及其地区分布。方法选取1954—2011年间青海高原境内各县/市从人鼠疫患者、宿主动物及媒介昆虫体内分离的鼠疫菌102株,采用传统的十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取鼠疫菌DNA。分别对YPa、YPb和YPc等3个CRISPR位点进行PCR扩增、测序,然后将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库检索比对,以鉴定CRISPR spacer阵列。最后根据CRISPR spacer阵列的多态性对青海高原鼠疫菌进行基因分型,并描绘其地区分布特征。结果 102株鼠疫菌共发现40种spacer,包括YPa 22种、YPb 13种、YPc 5种,其中有5种新spacer,分别为a1’、a103、a104、b4’’和b4’’’;YPa、YPb和YPc分别鉴定出16、10和5种不同的spacer阵列,新发现的spacer阵列为11种。102株鼠疫菌可被分为24个基因型,共归为9大CRISPR类群,分别为Cb4、Cb4’、Cb2、Ca37、Ca7、Ca7’、CaΔ5’、Ca35’和Cc3’ ,其中Ca7、Ca7’、CaΔ5’、Ca35’呈现出显著的聚集性特征:Ca7主要分布在玉树、囊谦、称多、杂多、治多和曲麻莱;Ca7’分布于循化、同仁、泽库、同德、玛沁和贵南;CaΔ5’集中在祁连、刚察、门源、大通;Ca35’分布在湟源、海晏、刚察、天峻、德令哈、乌兰、都兰、兴海、共和和贵德。结论青海高原鼠疫菌CRISPR种群结构复杂,Ca7、Ca7’、CaΔ5’和Ca35’是流行最普遍的主要种群,这些种群呈现显著的地区分布特征,可以利用CRISPR分型技术加强该地区鼠疫检测和防控工作。

• 单位
  青海省地方病预防控制所