基于GBS简化基因组测序数据重建麦洼牦牛保种群系谱

作者：李在文; 李响; 李小伟; 李飙; 江明锋^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(09): 3710-3721.

• 麦洼牦牛
• GBS技术
• 亲缘关系
• 分子系谱

旨在利用简化基因组测序技术(genotyping-by-sequencing, GBS)构建四川省龙日种畜场的3个麦洼牦牛保种群(全黑群、粉嘴群和弗洛群)系谱，为麦洼牦牛保种选育工作打下基础。本研究从3个保种群选取406头麦洼牦牛(全黑群211头、粉嘴群140头、弗洛群55头),采血提取DNA后进行GBS测序，利用获得的SNP对保种群亲缘关系展开研究，并初步构建系谱。结果：GBS测序后获得高质量SNP位点126 122个。PCA分析(principal component analysis, PCA)表明粉嘴群和全黑群有明显的分化趋势，弗洛群与全黑群、粉嘴群部分个体聚类紧密。本研究共计算出164 836个亲缘关系对，依据个体间的亲缘系数，判定出134个全同胞关系，912个半同胞关系，136个疑似亲子关系或全同胞关系，520个疑似半同胞关系或叔侄关系，205个疑似半同胞关系或叔侄关系或祖孙关系。结合群体进化树和亲缘关系分析，将保种群划分为12个家系(G1～G12)。家系遗传多样性分析结果表明，12个家系的观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)为0.288 9～0.305 5,期望杂合度(expected heterozygosity,He)为0.307 4～0.307 6,平均Ho低于平均He,表明12个家系均存在一定程度的近交，G8的Ho最小，为0.288 9,其FIS最大，为0.060 7。本研究利用GBS技术获得的SNP判定了麦洼牦牛保种群的亲属关系，并将保种群划分为12个家系，初步完善了保种群的系谱，为后续保种选育方案的实施奠定了基础。

• 单位
  西南民族大学