针对区域创新系统耦合度测度问题,结合系统论的相关理论,从投入产出视角研究了区域创新系统耦合度评价指标体系,运用因子分析法检验指标体系的结构效度,构建了区域创新系统耦合度测度模型,并选取我国31个省市2009~2013年的数据展开实证分析.结果表明,各区域创新系统耦合度的分布大致呈金字塔型,只有少数发达省市处于高度协调耦合阶段;东中西部地区修正耦合度有显著差异,并呈现出明显的空间分布特征;上海、天津等省市发生了耦合度质变现象.