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摘要
目的通过对RNA-Seq高通量测序数据进行生物信息学分析,同时结合青海省不同海拔地区患者的发病情况,探讨增生性糖尿病视网膜病变的发病机制,为该病的早期诊断提供新的思路。方法从NCBI的GEO公共数据库中下载与增生性糖尿病视网膜病变相关的RNA-Seq高通量测序数据,利用R语言对差异基因进行筛选,通过DAVID在线工具对差异基因进行GO富集及信号通路分析,利用STRING对差异基因进行蛋白相互作用网络分析。利用实时荧光定量PCR技术分析ACSL5、IGF和CPS1基因在不同海拔患者中的mRNA表达情况,最后,借助于Protein isoelectric point calculator、SignalP 4.1 Server、Kyte-Doolittle Hydropathy Plots、TMHMM Server、ExPasy、RasMol等工具对IGF基因及蛋白质进行理化性质分析及三维结构功能分析。结果共筛选出97个差异基因,其中60个基因表达上调,37个基因表达下调,这些差异基因参与多种生物学过程及信号通路,通过STRING蛋白网络互作分析,共筛选出10个潜在的与增生性糖尿病视网膜病变相关的节点基因。结论 10个基因可能是该病潜在的治疗靶点,而又以ACSL5、CPS1和IGF三种基因尤为重要,与增生性糖尿病视网膜病变的发病情况密切相关;提示ACSL5、CPS1和IGF可成为高原不同海拔地区增生性糖尿病视网膜病变的早期诊断指标。
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