二叶式主动脉瓣钙化关键基因的生物信息学分析

作者：朱鹏程; 张倩; 卞金辉; 章辉; 倪布清; 邵永丰^*

来源：实用临床医药杂志, 2021, 25(09): 9-17.

DOI：10.7619/jcmp.20211339

• 二叶式主动脉瓣
• 钙化
• 生物信息学分析
• 蛋白质互作网络
• 差异基因
• 关键基因

目的采用生信分析技术探讨二叶式主动脉瓣(BAV)钙化相关的关键基因(hub基因)。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载BAV相关的基因表达矩阵及临床数据,应用Perl及R软件筛选出钙化的BAV与正常主动脉瓣的差异基因(DEGs),通过R软件对DEGs进行富集分析,使用Cytoscape构建蛋白质互作(PPI)网络。使用Degree算法计算并取排名前10的DEGs作为hub基因,分别采用miRWalk数据库及FunRich软件预测hub基因对应的microRNA并取交集,构建miRNA-mRNA调控网络。结果从数据集GSE83453中共筛选出DEGs 126个,其中上调基因85个,下调基因41个。通过PPI网络计算出10个hub基因,并由此预测出12个上游miRNA。结论 BAV瓣膜钙化通路可能与三叶式主动脉瓣瓣膜钙化相似,与其相关的hub基因是SPP和MMP。加剧BAV瓣膜病变并导致BAV相关并发症的hub基因可能是THBS2、COL5A2、COL4A1、COL1A1、COL3A1、COL4A2、COL1A2、SERPINE1。

• 单位
  南京医科大学第一附属医院