Nanopore测序揭示m6A修饰铁死亡相关基因在中晚期头颈部鳞状细胞癌中的表达及临床意义

作者：庄黎明; 丁雅婷; 蔡成福^*; 叶辉^*; 蔡耿明^*

来源：中国耳鼻咽喉颅底外科杂志, 2023, 29(05): 60-70.

• Nanopore测序
• N6-甲基腺苷
• AGR2
• 头颈部鳞状细胞癌

目的 研究N6-甲基腺苷(m6A)修饰在中晚期头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的作用和基因相关通路，为头颈部HNSCC患者的个体化精准治疗提出新的观点及研究参考。方法 选取3对临床中晚期HNSCC患者的癌及其癌旁组织(6个样本)进行测序，从癌和癌旁组织的转录组、m6A相关差异基因中筛选出两者共同的差异基因，通过基因本体(GO)分析、pathway分析及蛋白相互作用(PPI)分析，找出其中的枢纽(hub)基因，随后对网络中的基因进行基因集变异分析(GSVA),从而得到m6A修饰影响的基因及通路。结果 从癌与癌旁组织的差异基因中筛选出96个转录组m6A相关的上调基因、159个m6A相关下调基因；信号通路分析发现PPAR通路、免疫相关通路下调，代谢通路上调；构建PPI后发现，CDK1呈现上调趋势，而DCN及ARG2均呈现下调趋势；GSVA分析发现PI3K/AKT信号通路在癌组织中上调；PPI中的hub基因共表达分析发现AGR2和CDK1在m6A调控下，与铁死亡相关基因联系很密切。结论 m6A修饰与FOXA1、RPL8、DNC、CDK1、ApoE、POSTN、YWHAZ、MMP13等铁死亡相关基因紧密相关，m6A修饰可能通过铁死亡相关基因影响免疫、代谢相关通路，从而在中晚期HNSCC中起重要作用。

• 单位
  厦门医学院; 泉州市第一医院; 福建医科大学