结节性甲状腺肿circRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建

作者：张雪雪; 王旭杰; 徐钰莹; 王宗雪; 隗睿; 李秋艳^*

来源：生物信息学, 2023, 1-9.

• 结节性甲状腺肿
• 环状RNA
• 竞争性内源RNA
• GEO数据库

基于生物信息分析筛选结节性甲状腺肿中差异表达的环状RNA（circRNA），并揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在结节性甲状腺肿中的作用。方法从GEO数据库中检索结节性甲状腺肿组织基因芯片数据，利用R软件筛选出差异表达的circRNA。联合多个生物信息数据库预测差异表达circRNA下游的miRNA及mRNA， 并对靶mRNA进行GO及KEGG富集分析。利用STRING在线数据库及Cytoscape软件筛选核心基因。确定了2个circRNA，42个miRNA及546个mRNA。GO及KEGG富集分析表明靶mRNA主要涉及细胞生长及基因表达调控过程。基于Cytoscape软件筛选出了14个核心基因（SP1、IGF1R、RPS6KB1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、VEGFA、CCND1、CDK2、HSPA4、HIF1A、CREB1、NR3C1和STAT5A）。最终基于2个circRNA、11个miRNA和14个核心mRNA构建了circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结节性甲状腺肿组织中异常表达的circRNA及相关的circRNA-miRNA-mRNA调控网络可能成为结节性甲状腺肿诊断与治疗的新靶点。

• 单位
  中国中医科学院西苑医院