基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA

作者：刘倩; 应晓敏; 吴佳瑤; 查磊; 李伍举

来源：生物物理学报, 2011, (03): 257-264.

• 细菌sRNA
• 终点信号
• 预测 Bacterial sRNA
• Transcriptional termination
• Prediction

细菌sRNA是一类长度在40～500nt的调控RNA,在细菌与环境相互作用中发挥重要功能,因此,细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而,与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同,目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌sRNA转录终点的碱基频率矩阵来识别sRNA的预测策略,并在大肠杆菌K-12 MG1655中进行了sRNA的预测。结果表明,该模型在独立测试集中具有较高的特异性和阳性检出率,因此,这一方法将为实验发现细菌sRNA提供较好的生物信息学支持。

• 单位
  军事医学科学院基础医学研究所