闽楠基因组SSR的开发及其通用性分析

作者：熊远芳; 江淑珍; 连辉; 刘丹; 李煜; 叶宝鉴; 陈世品

来源：分子植物育种, 2021, 1-18.

• 闽楠（Phoebe bournei）
• 高通量测序
• SSR
• 通用性

本研究以闽楠优良基因型为供试材料，利用Illumina MiSeq测序平台对SSR富集文库进行高通量测序，共获得5 178 284条序列，数据过滤后得到4 758 764个高质量reads。通过MISA软件搜索到1 590 126个SSR位点，SSR特征分析表明闽楠SSR的优势重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，SSR位点数分别为130 952 （8.24%）、1 229 255 （77.31%）、200 055 （12.58%）。通过Prel程序初步对获得的SSR位点进行了多态性评估，并利用primer3 v2.3.6成功设计了引物。用6个闽楠基因型对136对基因组SSR引物进行筛选验证，最终得到23对条带清晰、特异性好、稳定性好且多态性高的引物。用筛选出的23对多态性引物对8个闽楠近缘种进行通用性检测，结果表明，23对引物在楠属中通用率为100%；在刨花润楠、红楠、黄绒润楠、绒毛润楠中通用率分别为95.65%、86.96%、82.61%、86.96%；在香樟和阴香中通用率分别为78.26%和69.57%。开发的基因组SSR为闽楠遗传多样性研究及分子标记辅助育种提供科学依据。

• 单位
  福建工程学院; 福建农林大学