获得构建miRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法

作者：李嘉熙; 宋刘梅; 王美晨; 蓝茜; 李玥; 刘莉; 王璇; 韩燕; 李冬民

来源：中国医学教育技术, 2013, 27(05): 546-549.

DOI：10.3969/j.issn.1004-5287.2013.05.015

• “miRBase”数据库
• “Ensembl”数据库
• 成熟miRNA
• miRNA前体(precursor microRNA,pre-miRNA)
• pre-miRNA侧翼

近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase"数据库获得pre-miRNA在"Ensembl"数据库的位置链接;然后在"Ensembl"数据库内获得pre-miRNA在基因组上的位置及碱基序列;最后在pre-miRNA序列导出窗口5'和3'侧翼序列输入框内填写所需侧翼序列的长度,进而获得pre-miRNA及其侧翼的DNA序列。

• 单位
  西安交通大学