应用高通量测序技术快速鉴定未分型甲型流感病毒

作者：茅海燕; 孙逸; 楼秀玉; 颜浩; 程伟; 姚文武; 王欣莹; 潘军航; 张严峻

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2018, 32(03): 268-271.

• 甲型流感病毒
• 亚型
• 高通量测序
• 快速鉴定

目的利用Ion Torrent半导体二代测序技术开展禽类和外环境中禽流感病毒基因组测序和亚型的快速鉴定,建立快速鉴定未分型甲型流感病毒亚型的高通量测序方法。方法提取9份禽类拭子和外环境标本中的病毒RNA,进行甲型流感病毒通用型、H5N1亚型、H7N9亚型和H9N2亚型荧光定量PCR检测;利用Path Amp Flu A试剂盒对病毒RNA进行全基因组扩增,利用Next Fast DNA Fragmentation&Library Prep Set for Ion Torrent试剂盒进行文库制备,并在Ion torrent二代测序仪上完成测序;采用Ion Torrent Suite v3.0进行测序数据提取和质量评估,并且用Flu Atyping v4.0和Pathogen Analyzer两个插件进行流感序列拼接和数据库比对,最终确定9份禽流感标本的流感病毒亚型。结果 9份禽类拭子和外环境标本甲型流感病毒核酸阳性但常规监测的H5N1、H7N9和H9N2亚型均为阴性,经二代测序和生物信息学分析共鉴定出7种亚型:H2N3、H5N6、H5N8、H7N1、H7N7、H11N3亚型流感病毒阳性标本各1个,H6N6亚型流感病毒阳性标本3个。结论浙江省外环境中禽流感病毒亚型众多,Ion torrent半导体测序技术适用于禽及外环境监测中发现的未分型甲型流感病毒亚型的快速鉴定。

• 单位
  浙江省疾病预防控制中心