目前对政府采购合同到底是民事合同、行政合同还是混合合同,还存在一定争论。鉴于意思自治原则是《合同法》的一项基本原则,本文结合当前深化政府采购改革的新时代要求,以及实践中政府采购合同管理的现状和问题,分析其原因,探索如何厘清意思自治原则在政府采购合同管理中应用的边界,进而提出完善政府采购合同管理的建议。