桃果肉近核色素copia-like反转录转座子序列分析及分子标记的建立（英文）

作者：闫希光; 王召元; 常瑞丰; 刘国俭; 陈湖; 徐金涛; 李永红^*; 韩继成^*

来源：Agricultural Science & Technology, 2018, 19(05): 12-23.

DOI：10.16175/j.cnki.1009-4229.2018.05.002

• 桃
• Copia-like反转录转座子
• 相关序列扩增多态性(SRAP)
• 遗传多样性

通过对与桃果实近核色素紧密连锁的SRAP标记Me07Em02扩增得到的片段进行了验证、回收、测序和分析,并登录桃基因组Peach v1.0进行比对,获得部分copia-like反转录转座子的部分序列,应用DANMAN和DNASTAR序列分析软件辅助,在桃基因组数据库和GenBank中进行BLASTn比对获得了桃copia-like反转录转座子的全基因组序列,位于Peach v1.0基因组的Scaffold-1的9 939 764～9 944 771 bp位置,全长5 008 bp,其左右两边的长末端重复序列(LTR)完全一致,长度为444 bp,其最大开放阅读框(ORF)位于该序列的487～4 545bp,编码1 535个氨基酸,将该氨基酸序列提交到GenBank中进行Protein BLAST比对,结果显示该序列也具有典型的copia-like反转录转座子的氨基酸序列特征。同时初步建立了桃反转录转座子标记方法,并对桃的遗传多样性进行了分析。

• 单位
  河北省农林科学院昌黎果树研究所