基于美洲和中国大鲵转录组序列的线粒体基因组组装及其遗传多样性分析

作者：陈军; 苏胜彦; 张希昭; 纪垠竹; 王辉微; 朱丽雅; 张晏江; 薛浩鑫; 孙阿君; 华风雷

来源：扬州大学学报（农业与生命科学版）, 2017, 38(04): 50-55.

DOI：10.16872/j.cnki.1671-4652.2017.04.010

• 美洲大鲵
• 线粒体基因组
• 转录组测序
• 系统进化树

为利用高通量测序数据开展线粒体基因组研究,基于高通量第2代测序技术获得了美洲大鲵(Cryptobranchus alleganiensis)转录组数据,以近缘物种的线粒体全基因组为参考序列,利用MITObim软件对其组装,并进行环化、注释和分析,采用邻接法(NJ法)构建美洲大鲵线粒体基因组序列的系统进化树。结果表明:美洲大鲵线粒体全基因组序列长度为16 358 bp,包含13个蛋白编码基因(PCG)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区。同时利用该项技术对中国大鲵(Andrias davidianus)转录组数据也提取线粒体组数据,并构建大鲵属的系统进化树,结果表明中国大鲵与日本大鲵(Andrias japonicus)亲缘性较近,获取的美洲大鲵与参考的美洲大鲵(Gen Bank登录号GQ368662)聚为一类。这一研究提示中国大鲵和美洲大鲵起源不同,遗传距离大。

• 单位
  南京农业大学; 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心; 农业部; 江苏农林职业技术学院