光皮树全基因组调查

作者：周文才^*; 李进; 左继林; 唐山

来源：分子植物育种, 2022, 20(08): 2580-2585.

DOI：10.13271/j.mpb.020.002580

• 光皮树
• 基因组调查
• 基因组大小
• 杂合率
• GC含量

光皮树是重要的木本油料树种，也是优良的用材、园林绿化及生态树种，其分子生物学研究进展缓慢。本研究采用Illumina高通量测序技术及K-mer分析等生物信息学方法，首次开展了光皮树全基因组调查，结果表明：(1)光皮树基因组大小为1 001.81 Mb;(2)光皮树基因组杂合率为0.77%，重复序列比例为62.84%,GC含量为35.82%;(3)利用SOAP de novo软件对50.10 Gb序列进行组装，得到1 313 158条scaffold，拼接序列总长为897 216 182 bp,scaffold N50为2 842 bp。根据光皮树基因组各指标的评估，推测光皮树基因组具有较高的重复序列和杂合率，本研究结果为光皮树进一步全基因组测序策略等提供了理论依据。

• 单位
  江西省林业科学院