新型多苯并咪唑环芳识别氨基酸甲酯的分子动力学和密度泛函研究

作者：娄永锋; 肖蓉; 向明礼; 杨明理

来源：成都电子机械高等专科学校学报, 2012, (04): 10-14.

DOI：10.13542/j.cnki.51-1747/tn.2012.04.007

• 咪唑环芳
• 分子动力学
• 密度泛函理论
• 分子识别 imidazole cyclophane
• molecular dynamics
• density functional theory
• molecular recognition

采用Gaussian 03在B3LYP/6-31G(d)水平上分别优化新型多苯并咪唑环芳(MBICP)受体和氨基酸甲酯(AAME)配体,再用基于模拟退火的分子动力学方法 CDOCKER将配体与受体对接,对每一个复合物获得了一组最低能量的初始构象。最后用Turbomole在BLYP/def-TZVP水平对初始构象进一步优化,并对收敛后的复合物最低能量构象作NBO分析。以密度泛函理论计算获得的相互作用能作为核心参数,采用组合策略建立了表达MBICP-AAME复合物结合常数的定量关系模型,计算了该类复合物的结合常数。对MBICP受体和AAME配体间的作用模式以及影响MBICP受体识别AAME配体的主...

• 单位
  四川大学华西医院; 四川大学; 生物治疗国家重点实验室