基于小RNA深度测序和RT-PCR检测侵染大豆的病毒种类

作者：王秋实; 闫哲; 李玮瑜; 杨爱珍; 任俊达; 尚巧霞^*

来源：山西农业大学学报(自然科学版), 2021, 41(04): 25-32.

DOI：10.13842/j.cnki.issn1671-8151.202103020

• 大豆病毒病
• 小RNA深度测序
• RT-PCR检测
• 病毒检测

[目的]大豆病毒病的发生影响大豆的产量和品质。本研究应用小RNA深度测序技术检测山西省太谷县侵染大豆的病毒种类,研究结果可以为防控大豆病毒病提供依据。[方法]2019年在山西省晋中市太谷县大豆田调查大豆病毒病发生情况,并采集36份样品进行小RNA深度测序,经RT-PCR检测和序列测定分析结果明确山西省侵染大豆的病毒种类。[结果]太谷县所调查大豆的主要症状是叶片变色、畸形和植株矮化等。采集有典型症状的36份样品经小RNA深度测序共获得32 716 152条小RNA序列。将拼接获得的contigs与NCBI数据库进行比对,最终获得377个被注释的contigs,包括黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)105条contigs、大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)267条contigs、蚕豆萎蔫病毒2号(broad bean wilt virus 2,BBWV-2)5条contigs。选用以上病毒的特异性引物进行RT-PCR检测,选取病毒阳性样品进行序列测定和分析,验证了小RNA深度测序分析的结果。获得了CMV、SMV和BBMV2山西太谷大豆分离物(STS)的部分序列(GenBank登录号为MW556479,MW556478和MW556484),与来自NCBI数据库中不同地区的病毒分离物序列分别进行了比较,同源一致性为93.59%～99.59%。在采集的大豆样品中可以检测到CMV、SMV和BBWV-2三种病毒,检出率分别为97.2%、94.4%和13.9%。其中34株样品均为不同病毒的复合侵染,复合侵染率为97.1%,同时被CMV和SMV侵染的样品有29株,同时被3种病毒侵染的样品有5株。[结论]危害山西省太谷县大豆的病毒有CMV、SMV和BBWV-2,其中CMV、SMV为优势病毒,应控制毒源和传毒媒介来降低该地区大豆病毒病发生危害。

• 单位
  北京农学院