全转录组芯片筛选肝癌组织中CX43的作用靶点

作者：谈震; 郭卫东; 张璐; 吴泽华; 占世雄; 刘世国; 王祖森^*

来源：中华肝脏外科手术学电子杂志, 2019, 8(02): 164-168.

• 癌,肝细胞
• 连接蛋白43
• 芯片分析技术

目的运用全转录组芯片测序技术结合生物信息学筛选缝隙连接蛋白CX43的下游差异性表达基因并进行功能分析。方法采用TransIntroTM EL将重组pCX43质粒转染至人肝癌SMMC-7721细胞,构建CX43过表达组,对照组仅转染空载质粒。采用RT-PCR、Western blot检测转染后细胞CX43 mRNA和蛋白的表达情况,两组CX43 mRNA和蛋白表达量比较采用t检验。运用全转录组芯片Clariomtm D Assays筛选CX43的下游差异表达基因;利用DAVID和STRING数据库对差异性表达基因进行基因功能、信号通路和蛋白相互作用分析,确定中心节点蛋白。采用Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析靶点蛋白在生存预后中的价值。结果过表达组CX43 mRNA和蛋白表达量分别为363±64、1.36±0.02,明显高于对照组的1、0.81±0.01(t=5.67,19.12;P<0.05)。筛选CX43下游差异表达基因,其中上调基因394个,下调基因534个。STRING数据库分析出9个中心节点蛋白。Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析显示,ENO1、RALA、SRC高表达患者总体生存率较差(HR=2.29,1.72,1.75;95%CI:1.61～3.27,1.20～2.46,1.22～2.53;P<0.05)。结论 ENO1、RALA、SRC为CX43的下游作用靶点,3个靶点蛋白为生存预后的独立影响因素,靶点蛋白高表达患者生存预后差。

• 单位
  青岛大学附属医院