骨肉瘤铁死亡相关非编码RNA基因预测及免疫浸润

作者：魏建仝; 邹永刚; 李扬; 王勇平^*

来源：中国矫形外科杂志, 2023, 31(18): 1703-1708.

• 骨肉瘤
• lncRNA
• ceRNA
• 铁死亡
• 免疫浸润

[目的]探讨预测铁死亡相关lncRNA，并构建骨肉瘤（osteosarcoma, OS）预后预测模型及其竞争性內源RNA (competing endogenouse RNA, ceRNA)调控网络。[方法]从大型数据库TARGET下载高通量测序数据及对应的临床数据。运用R软件过滤低丰度基因并整理对应的临床信息后获得85例测序数据，提取lncRNA和FRGs。基因本体论（GO）功能和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。对最终筛选得到的lncRNA、miRNA以及FRGs基因进行Spearman相关性分析。[结果]从TARGET-OS数据集中提取到7 658个lncRNA和175个FRGs，得到了1 158个与铁死亡显著相关的lncRNA。GO分析结果表明，CC主要包括细胞外基质组织、成骨、细胞-基质粘附、受体介导的内吞作用；BP主要包括细胞-基底连接、黏着斑、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞接触前缘、游离核糖体。发现lncRNA PVT1与miRNA (hsa-miR-106a-5p, hsa-miR-17-5p, hsa-miR-20a-5p)有确定结合靶点，进一步分析发现，lncRNA PVT1基因与OS免疫有关（R=-0.27, P=0.014）。高风险组PDCD1LG2和CD27表达量低于低风险组（T-test, P<0.05）。[结论]铁死亡相关lncRNA预后模型具有较好的预测能力，为优化OS的管理提供了依据。铁死亡相关lncRNA ceRNA网络，可能为OS发生发展的分子机制提供有价值的数据支持。

• 单位
  河西学院附属张掖人民医院; 兰州大学第一医院; 兰州大学第二医院