核桃Alfin-like基因家族鉴定与转录表达分析

作者：李洋; 刘凯; 路粉; 王红霞^*; 王文桥

来源：河北农业大学学报, 2021, 44(04): 51-57.

DOI：10.13320/j.cnki.jauh.2021.0065

• 核桃
• Alfin-like基因家族
• 生物信息学分析
• 转录表达分析

为了揭示核桃Alfin-like家族在核桃响应低温胁迫中的作用,本研究通过生物信息学与RNA-seq结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索Alfin-like家族基因,对该家族进行生物信息学和转录表达分析。结果表明,核桃Alfin-like基因家族包含8个成员,分布在5条染色体上,蛋白长度范围为240(JrAL5)～254(JrAL1)个氨基酸,开放阅读框为723(JrAL5)～771 bp(JrAL3),等电点为5.04～5.71,全部为酸性不稳定蛋白;含有典型的DUF3594 Domian和PHD domian 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可与双子叶植物拟南芥较近,与单子叶植物水稻较远。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrAL2为差异表达基因,并且在种仁和芽中表达较高,在老叶和雄花中较低,推测JrAL2可能响应低温胁迫。

• 单位
  河北省农林科学院植物保护研究所; 河北农业大学