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摘要
了解二价金属离子与氨基酸相互作用的机理对于理解金属离子与蛋白质之间的相互作用具有重要意义.本研究结合神经网络势能面、分子动力学模拟和伞形采样系统研究了水溶液中Mg2+、Ca2+和Zn2+与氨基酸侧链类似物的和互作用机理.计算得到的自由能曲线不仅揭示了每个离子与氨基酸的结合过程以及最稳定的配位结构,而且还显示了不同离了之间的差异.此外,还将基于神经网络势函数得到的时又能作为标准对经典力场进行基准测试,对开发针对金属离子的力场具有重要意义.
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单位华东师范大学; 上海纽约大学
