本发明公开了一种脂肪酸乙酯转化为甘油二酯的方法,包括如下步骤:(1)将脂肪酸乙酯与甘油混合,以脂肪酶作为催化剂,利用抽真空使其进行甘油解反应;(2)将步骤(1)的反应产物离心后,进行分子蒸馏,得到纯化的甘油二酯。本发明使用脂肪酶作为催化剂,在真空状态下生成甘油二酯,且反应条件温和、简便,更解决了以往油脂纯化过程中脂肪酸含量偏高,无法完全除净的问题。对于生产纯品甘油二酯油品具有很高的应用价值。