单心室心脏病相关miRNAs的生物信息学预测及分析

作者：王凯; 李钟鸣; 李岩松; 刘先玲; 丁胤彰; 孙燕; 许迪^*

来源：临床与实验病理学杂志, 2022, 38(03): 289-294.

DOI：10.13315/j.cnki.cjcep.2022.03.007

• 单心室心脏病
• miRNA
• 靶基因
• miRNA-靶基因调控网络

目的 筛选与单心室心脏病相关的miRNA及其靶基因，完成miRNA-靶基因调控网络的构建。方法 从基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)中获取GSE136547芯片数据，应用R语言进行分析并筛选差异表达的miRNA,应用miRWalk 3.0预测差异表达miRNA的靶基因，并完成GO和KEGG通路分析。使用String在线数据库进行蛋白互作网络(protein protein interaction network, PPI)分析，利用Cytoscape软件进行miRNA-靶基因及PPI调控网络可视化。结果 筛选后获得9个差异表达的miRNAs(P<0.05,|log fold change>1|),其中8个上调，1个下调。GO功能富集显示：差异表达miRNAs的靶基因主要参与对DNA损伤检查点、对β淀粉样蛋白的细胞反应、对β淀粉样蛋白的反应、有丝分裂G1期DNA损伤检查点以及G1期DNA损伤检查点等生物学过程。KEGG富集分析发现：靶基因主要参与MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、人T细胞白血病病毒1感染、人类巨细胞病毒感染以及癌症中的miRNA等重要通路。miRNA-靶基因调控网络中的miRNA包括：hsa-miR-20a-5p、hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-18b-5p、hsa-miR-96-5p。通过CytoHubba插件得到10个关键基因分别为MAPK1、CREB1、VEGFA、ESR1、SMAD2、IGF1R、IGF1、IRS1、APP、CRK。结论 在单心室心脏病患者的血液中发现9个miRNAs存在差异性表达，它们可能在单心室心脏病的发病过程中发挥重要作用，为单心室心脏病的诊断提供新的思路和依据。

• 单位
  南京医科大学第一附属医院