基于极端混合池全基因组重测序的茄子萼下果色基因预测

作者：乔军; 刘婧; 李素文; 王利英^*

来源：园艺学报, 2022, 49(03): 613-621.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2021-0018

• 茄子
• 萼下果色
• 基因定位
• 极端混合池
• 全基因组重测序

以茄子萼下紫色稳定遗传的圆茄自交系Y5与萼下绿色圆茄自交系Y73杂交，结果发现F2代的萼下果色分离呈正态分布。在F2群体中选取30个萼下紫色和30个萼下绿色单株构建极端混合池，对混合池和双亲开展30×和10×覆盖度的全基因组重测序，定位萼下果色性状关联区间，并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因。重测序得到7 747 547个单核苷酸多态性(SNP)标记和569796个插入缺失标记(InDel)标记，用于萼下果色性状的全基因组定位。定位结果获得7个显著关联区间，分布于茄子第4、10和11号染色体，根据通路富集和基因功能注释，筛选到候选基因EGP21397、EGP21400、EGP21491、EGP22288和EGP22289，这5个候选基因与光合作用密切相关，分别编码钙调素结合家族蛋白、C2H2型锌指蛋白、类胡萝卜素异构酶、2Fe-2S铁氧还蛋白样超家族蛋白和脂质转运蛋白。同时预测到与细胞色素P450和光敏色素合成有关的候选基因共6个，位于10号染色体关联区间，这些蛋白和光敏色素均与光合作用和逆境发育有关，从一定程度上揭示了茄子萼下果色发育的分子机理。