甜菜及其近缘类群叶绿体基因组重复序列比较分析

作者：包国媛; 王雅琼^*; 李文辛

来源：种子, 2023, 42(09): 36-44.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.09.036

• 甜菜
• 叶绿体基因组
• 重复序列
• cpSSR

甜菜、菠菜及藜麦具有较高的食用、药用和饲用价值。通过MISA和REPuter软件对其叶绿体全基因组的简单重复序列(cpSSR)和散在重复序列(cpIRS)进行分析，研究甜菜及其近缘类群的叶绿体基因组重复序列差异。结果表明，甜菜及其近缘类群的全长分别为149 722 bp、150 725 bp和152 079 bp,均由一个大单拷贝区(LSC)(83 110 bp、82 719 bp、83 551 bp),一个小单拷贝区(SSC)(17 793 bp、17 860 bp、18 118 bp)和一对反向重复序列(IRs)(24 410 bp、25 073 bp、25 205 bp)组成。甜菜及其近缘类群叶绿体基因组中共检测到195个，171个，154个SSR位点，平均每隔767.8 bp、881.4 bp、987.5 bp出现一个SSR位点。重复序列中主要以单碱基重复序列为主，分别占SSR位点总数的91.8%,85.35%,89.6%。cpSSR主要集中分布在大单拷贝区(LSC),占SSR位点总数的67.69%,68.82%及65.59%;cpSSR长度主要集中在8～12 bp之间，说明叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有较高的多态性。REPuter共检测到甜菜、菠菜及藜麦存在50个，13个及25个cpIRS序列，甜菜中检测到26个正向重复(F型)和24个回文重复(P型),菠菜和藜麦中只检测到1种重复类型，均正向重复(F型)。

• 单位
  青海民族大学