多环境下大豆子粒大小性状的全基因组关联分析

作者：董莹莹; 刘冀; 张翔超; 林峰; 史飞飞; 王博; 付雪; 赵雪; 韩英鹏; 李文滨; 滕卫丽^*

来源：中国油料作物学报, 2023, 45(01): 111-123.

DOI：10.19802/j.issn.1007-9084.2022027

• 大豆
• 候选基因
• 全基因组关联分析(GWAS)
• 子粒大小性状

为探究多环境下大豆子粒大小性状的分子遗传基础，挖掘与子粒大小性状相关的SNP位点和候选基因，利用150份大豆种质资源在2019年和2020年6个环境条件下对大豆子粒粒长、粒宽、粒厚和百粒重性状进行表型测定，并进行全基因组关联分析。结果表明：在CMLM（压缩混合线性）模型下，在6个环境条件下检测到896个与子粒大小性状显著关联的SNP位点，分布于20条染色体。不同性状检测到72个重叠的SNP位点。检测到39个稳定遗传的SNP位点，贡献率为10.68%～24.93%。通过稳定性与重叠性分析，获得35个稳定表达的SNP位点，贡献率为10.92%～23.16%。在粒宽、粒厚及百粒重性状中同时检测到显著关联的SNP位点最多，位点rs16533609的贡献率最高（16.51%）。根据稳定表达的SNP筛选候选基因，推测Glyma.03G006600、Glyma.04G077100、Glyma.08G203600、Glyma.12G195400、Glyma.17G039800、Glyma.18G202100和Glyma.20G215700等7个基因对大豆子粒大小性状有调控作用。

• 单位
  东北农业大学; 大豆研究所