重大疫情的出现,在一定程度上威胁着国家安全,对重大疫情的大学生网络舆情引导,关系到疫情的防控,也关系到总体国家安全的实现。总体国家安全观视域下重大疫情的大学生网络舆情引导,要遵循事实引导与价值引导相结合、线上引导与线下引导相促进、正面引导与交互引导相呼应的原则;要以总体国家安全观为指导、以高校为主体,通过构建重大疫情的大学生网络舆情管控体系、加强重大疫情应对中的大学生网络道德与法治教育、培养重大疫情的大学生网络意见领袖、拓展重大疫情的大学生网络表达场域的路径来实现。