基于LINCS转录组大数据的药物诱导基因共表达网络构建

作者：宋欣雨; 文昱琦; 刘祯; 何松^*; 伯晓晨^*

来源：军事医学, 2018, 42(06): 424-428.

• 药物设计
• 药物反应
• 基因共表达
• LINCS计划
• 转录因子
• 基因调控网络
• 细胞系

目的利用基于网络的细胞反应印记整合图书馆(LINCS)计划药物扰动各细胞系的转录反应表达谱,构建基因共表达网络,探究药物的作用机制。方法经过一系列数据预处理步骤,构建583种已上市药物扰动的转录反应表达谱数据集。计算每个药物刺激不同细胞系下的所有基因之间的Pearson相关系数及P值,按一定的筛选和合并规则,分别构建了14个不同治疗属性药物刺激下的基因共表达网络。选取在14个共表达网络中同时出现的共表达关联基因对,构成一个核心的药物诱导基因共表达网络。结果基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果表明,14个不同治疗属性药物刺激下的基因共表达网络既有相同的富集主题,也有特异的富集主题。核心的药物诱导的基因共表达网络显著富集在神经活性配体受体相互作用等信号通路以及编码男性组织特异性蛋白的基因上。结论药物诱导的基因共表达网络有助于更好地理解药物的作用机制。