为规范新型农村合作医疗(以下简称新农合)基金的会计核算,财政部于2008年初制定并颁布实施了《新型农村合作医疗基金会计制度》。该制度的颁布实施,加强了对新农合基金会计核算的规范化,对新农合基金核算向着科学化、精细化的方向发展起到了积极的促进作用。但是,随着新农合制度的不断实施,新农合会计制度的一些局限性也逐渐凸显出来。就目前新农合会计制度中存在的问题进行探讨,并寻求解决问题的对策。