两种等温扩增技术在二代测序病毒鉴定中的应用

作者：邹晓辉; 赵翔; 冯兆民; 王大燕; 舒跃龙

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2016, 30(02): 228-230.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2016.02.029

• 等温扩增
• 下一代测序
• 病原鉴定

目的评估两种等温扩增方法在二代测序(Next generation sequencing,NGS)病毒鉴定中的应用,为利用二代测序进行病毒鉴定提供参考。方法选取了两份病原已知的重症肺炎病人咽拭子,分别采用单引物等温扩增(Single primer isothermal amplification,SPIA)和多重置换等温扩增(Multiple displacement amplification,MDA)的方法进行反转录扩增。扩增产物进行NGS测序和宏基因组学分析。结果 SPIA扩增产物片段较短,扩增效率较低;而MDA扩增的产物片段较长,扩增效率也高。SPIA法在两份样本中均检测到目标病原,且目标病原基因组覆盖度较高。MDA在其中一份样本中未能检测出目标病原。结论 SPIA与MDA扩增方法均可用于NGS病原鉴定。SPIA法扩增效率较低,成本较高,但检测病原的能力高于MDA。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所