广藿香长链非编码RNA分析

作者：张宏意; 卢昌华; 何梦玲; 严寒静^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(13): 4236-4240.

DOI：10.13271/j.mpb.018.004236

• 广藿香(Pogostemon cablin)
• 长链非编码RNA
• 序列分析
• 转录组

长链非编码RNA (lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA,能够在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调控基因表达,广泛参与植物的生长发育、抗逆、生理和病理过程。广藿香为广东道地药材之一,也是医药领域和化工领域的重要天然原料。为了更好地开发和利用这一重要资源,本研究以广藿香为实验材料,在全长转录组测序的基础上,利用四个软件对134 647个转录本全长序列进行了蛋白编码潜能预测,最终获得4 106个lncRNAs。对这些lncRNAs的长度和数量作统计分析。结果显示,最短为280 nt,最长为8 941 nt,平均长度为1 084 nt;大部分lncRNAs的长度介于280～1 000 nt (61.447%),在1 001～2 000 nt和2 001～4 000 nt的长度范围内也发现有较多的lncRNAs,分别为23.015%和15.270%;但在4 001～8 941 nt的长度范围内,总共只有11个lncRNAs (占总量的0.268%)。本研究为广藿香lncRNAs鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础。

• 单位
  广东药科大学