基于HIV-1 pol基因DNA或RNA序列的分子传播网络的配对比较研究

作者：陈金; 陈欢欢; 罗柳红; 康瑞华; 梁淑家; 朱秋映; 陆华湘; 刘秀; 陈怡; 冯毅; 廖玲洁; 邢辉; 邵一鸣; 蓝光华; 林玫; 宋畅; 阮玉华; 李剑军

来源：中国热带医学, 2023, 1-10.

• HIV
• DNA序列
• RNA序列
• 分子传播网络
• 抗病毒治疗

目的 了解HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列构建分子传播网络的差异。方法 采集广西柳州2014年本底存活和2015—2018年新报告HIV感染者全血和血浆标本，分别进行DNA和RNA提取、序列扩增和序列测序、序列拼接、序列比对及亚型判定，构建DNA序列和RNA序列分子传播网络，并比较DNA序列构建的分子传播网络和RNA序列构建的分子传播网络的一致性。结果 本研究中2014年本底和2015—2018年新报告HIV感染者共2983人，其中2014年本底仅有DNA序列2590人、2014年本底和2015—2018年新报告的成对pol区DNA序列和RNA序列分别为196人和197人。在393人成对pol区DNA序列和RNA序列中，DNA序列和RNA序列的基因亚型一致，成对DNA序列和RNA序列的基因距离比较无统计学显著性差异（Z=-2.72，P=1.00）。2015—2018年新报告HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列与2014年本底DNA序列构建的分子传播网络连接一致性为91.4%（180/197）；2015—2018年新报告HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列与本底RNA序列构建的分子传播网络连接一致性为97.0%（191/197）。2015—2018年新报告HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列分别与本底DNA序列构建分子传播网络，两组之间抗病毒治疗减少HIV二代传播的风险无统计学差异。结论HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列在亚型和基因距离及构建分子传播网络上具有很好的一致性，DNA序列和RNA序列均可用于分子传播网络分析。

• 单位
  传染病预防控制国家重点实验室; 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心; 广西壮族自治区疾病预防控制中心