冠心病差异表达基因的鉴定及生物信息学分析

作者：李召水; 王光静; 乔友进; 生伟; 黄强; 池一凡^*

来源：青岛大学学报(医学版), 2021, 57(06): 852-859.

• 冠心病
• 基因表达
• 计算生物学
• RNA剪接

目的识别冠心病(CHD)的差异表达基因(DEGs),通过分析DEGs参与的生物学途径阐明CHD疾病发生涉及的细胞内通路。方法从GEO数据库下载两个已发表的CHD微阵列数据集中mRNA表达芯片的原始数据。筛选DEGs并对其进行生物信息学分析,包括Venn分析、基因本体(GO)注释分析、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)细胞通路富集分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)验证CHD病例外周血中核心DEGs的表达水平。结果共筛选出122个CHD的DEGs。GO及KEGG分析显示,这些DEGs参与了DNA转录和mRNA剪接调控。PPI网络分析显示,表达下调基因LUC7L3、HNRNPA1、SF3B1、ARGLU1、SRSF5、SRSF11、SREK1、PNISR、DIDO1、ZRSR2和NKTR位于网络中心,且这些基因均为DNA转录和RNA剪接相关基因。RT-qPCR检测证实以上基因在CHD中均表达下降,与前期芯片结果一致。结论 RNA剪接在CHD的发生过程中可能发挥了重要作用。

• 单位
  青岛大学; 青岛市市立医院