肾透明细胞癌进展枢纽基因的WGCNA筛选

作者：周忠涵; 赵文天; 官丰菊; 孙立江; 张桂铭^*

来源：青岛大学学报(医学版), 2019, 55(04): 392-401.

• 癌,肾细胞
• 寡核苷酸序列分析
• 数据挖掘
• 枢纽基因

目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别肾透明细胞癌发生及进展过程中的枢纽基因。方法从基因表达综合数据库下载GSE73731数据,通过WGCNA筛选枢纽基因,分析枢纽基因的表达水平及其与肿瘤分级、分期、预后的关系,使用GEPIA数据库和UALCAN数据库进行验证,并对枢纽模块基因进行GO和KEGG富集分析。结果通过构建共表达网络,确定green模块(包括355个基因)为枢纽模块,进一步筛选得到CEP55、CCNB1、NUF2、BUB1B、KIF14共5个枢纽基因。各枢纽基因与肾透明细胞癌组织学分级密切相关(t=17.53～25.18,P<0.01),且BUB1B基因对低级别与高级别肾透明细胞癌具有较高的诊断价值(AUC=0.706,P<0.01)。GEPIA和UALCAN数据库验证结果显示,各枢纽基因与肿瘤的分级及分期相关,且CEP55、BUB1B高表达与肿瘤的总生存期及无病生存期较差明显相关。基因功能富集分析结果显示,枢纽模块基因主要富集在细胞周期生物学过程及通路上。结论本研究通过构建基因共表达网络筛选出5个枢纽基因,这5个基因与肿瘤的分期分级及预后密切相关;枢纽基因可能通过细胞周期相关通路来影响肾透明细胞癌的发生、进展及预后。

• 单位
  同济大学; 青岛大学附属医院