葡萄、桃和可可基因组的进化分析

作者：崔晓波; 孙梦琦; 赵康路; 闫立仁; 张岚

来源：基因组学与应用生物学, 2018, 37(03): 1248-1256.

DOI：10.13417/j.gab.037.001248

• 葡萄
• 桃
• 可可
• 全基因组加倍
• 基因组稳定性

本研究以葡萄、桃和可可为研究对象,基于比较基因组学,利用基因同源共线性方法对基因组内的结构和基因组间同源信息进行比对分析,确定了物种基因组内和基因组间的同源片段。通过统计3个物种基因组间的同源共线基因的保留情况发现,葡萄基因组的保留情况最好,桃次之(为73.4%),可可最差(为68.9%),其丢失均可能是由于双子叶植物共有的三倍化导致基因组稳定性遭到破坏。另外,共线基因间的同义核苷酸替换率的频数分布证实,葡萄、桃和可可仅经历过一次古老的全基因组三倍化,并未经历最近的全基因组加倍,且可可基因组进化最快,葡萄基因组进化最保守;3个物种的分歧时间分别为:葡萄(110 Mya)、可可(90 Mya)、桃(80 Mya)。本研究将为3个物种及双子叶植物基因组的结构、功能和进化等研究提供重要的理论依据。

• 单位
  华北理工大学; 生命科学学院