基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选

作者：孙厚芳; 颜次慧; 吴磊; 李百会; 杨莉莉^*

来源：中国肿瘤生物治疗杂志, 2019, 26(04): 431-439.

• 肝细胞癌
• 生物信息分析
• 预后相关基因
• 基因本体分析
• 京都基因与基因组百科全书分析
• 蛋白质相互作用网络

目的:利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌(HCC)组织与正常肝组织之间差异表达基因(DEG),从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义。方法:分别从基因表达数据库(GEO)及人类癌症基因组图谱(TCGA)网站中下载GSE45267、GSE64041、GSE84402和TCGA中的基因表达谱,R软件和Bioconductor安装包用于筛选HCC组织与癌旁组织之间DEG,然后对这些DEG进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析及生存分析。结果:共筛选出46个上调基因和154个下调基因,GO富集分析显示,这些DEG主要与细胞分裂、增殖、周期调控、氧化还原过程及某些代谢途径密切相关;KEGG通路分析显示DEG主要与色氨酸、视黄醇等代谢途径及P53通路有关。在TCGA数据集中,6个上调的中枢基因CCNA2、CDK1、DLGAP5、KIF20A、KPNA2、MELK的过表达被认为与HCC患者预后呈明显负相关(均P<0.01)。结论:筛选出的一组与预后负相关的中枢上调基因对HCC诊断和治疗的临床研究可能具有潜在的指导价值。

• 单位
  天津医科大学