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摘要
特定DNA调控元件之间的长距离染色质接触在基因表达调控中起着关键作用,在理解信号网络和细胞状态时,必须对这些三维(3D)染色质结构中的相互作用进行全局表征。利用成对末端标记序列(Chia-Pet)进行染色质相互作用分析是一种将功能染色质结构转化为数百万个短标记序列的方法。自2009年开发以来,在染色质相互作用分析中具有独特的优势,从而为转录调控的研究提供了新的视角。本文介绍了Chia-Pet的实验方案和数据分析过程,分析了几种常用工具各自的特点和适用范围,帮助研究人员选用合适的方法以获得更可靠的结果。
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