云南省5株柯萨奇病毒A组9型进化分析

作者：赵丽娟; 姜黎黎; 周晓芳; 寸建萍; 伏晓庆; 田炳均^*

来源：中国病毒病杂志, 2023, 13(05): 378-383.

DOI：10.16505/j.2095-0136.2023.5011

• 柯萨奇病毒A组9型
• 手足口病
• VP1区基因
• 基因特征分析

目的 对云南省手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病例中检测到的柯萨奇病毒A组9型（coxsackievirus A9,CVA9）VP1区基因进行基因进化分析，为今后CVA9的预防及控制提供实验室依据。方法 对2014―2021年云南省疾病预防控制中心手足口病实验室收到的手足口病儿童粪便标本悬液提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒（enterovirus,EV）VP4/VP2结合区基因并测序，编辑后的序列在GenBank上进行“BLAST”搜索确定病毒型别，再用肠道病毒B组引物扩增CVA9病毒VP1区基因全序列并测序，通过肠道病毒在线定型工具（Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1）进行病毒型别确认。在基因库（GenBank）下载CVA9病毒VP1区基因型/亚型代表株序列，用Mega 5.2软件构建系统进化树，分析病毒基因特征。结果 2014―2021年，云南省手足口病实验室共从手足口病病例粪便标本中检测到5株CVA9病毒。基因特征分析结果表明，云南省5株病毒为基因型D中D2亚型的分支1，跟大多数中国分离株一致，是目前为止中国最为流行的基因亚型。结论 云南省检测到的5株CVA9病毒，是手足口病的稀有病原。加强CVA9病毒的实验室监测特别是分子流行病学监测，对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

• 单位
  云南省疾病预防控制中心